空间导航脑网络和S100B基因

工作原因,最近需要把两篇以前发表的文章的摘要翻译为中文,顺手贴过来一份。这两篇文章都是关于人类空间导航脑网络的。

Read More

脑影像遗传学:语言脑功能网络的基因表达相关

先放全文信息:
Kong, X., Tzourio-Mazoyer, N., Joliot, M., Fedorenko, E., Liu, J., Fisher, S.E., Francks, C.(2020). Gene Expression Correlates of the Cortical Network Underlying Sentence Processing. Neurobiology of Language. Advance publication. https://doi.org/10.1162/nol_a_00004

关键词:语言 脑网络 功能网络 基因表达 神经发展 自闭症

脑影像遗传学研究通过整合不同成像模态脑影像数据和遗传学数据,探索脑结构/功能与遗传变量之间的潜在关联,进而帮助我们了解、认识不同认知功能和相关脑疾病的遗传基础和发展规律。通常情况下,脑影像遗传学研究基于个体差异方法将来自同一批被试的脑影像数据和基因表型数据相关联。目前,研究者已经发表了一些脑影像遗传学的研究。但是,目前该领域仍然面临着样本量限制、多重比较校正和单个基因位点效应偏小等关键问题。

Read More

替换文本数据中的Tab为空格

存储数据的文本文件中常用空格、Tab、逗号或分号等作为分隔符。一些常用的数据分析工具可能仅接受这些分隔符中的一种,这时便需要将其他分隔符的数据转换为相应工具接受的数据格式。类似的数据准备工作也是实际数据分析工作中相当耗精力的部分。
下面是针对Tab转空格问题的两个方便的解决方案。

    Read More

    Presentation Learning Day 3

    Everybody
    Welcome to xx. And welcome to the xx
    My name is xx xx. I am the xxx of the organization of xx

    xx is a really amazing place to host the meeting. and it’s really quite suitable.
    xxx played a major role in early medicine and neuroscience, in many ways,

    it’s also hard to believe that it’s been xx years since the first xxx conference in xx.
    at that time, it really was just a conference. In the second meeting in xxx, it was decided to become a organization.
    Just in the last year, we decided to change to a society.
    so really it has been serve as an evolution over time.
    I attended the boston meeting, but I could go to xx cos I was a poor graduate student. so wasn’t able to afford it.

    Read More

    pytorch入门例子3:模型训练和测试

    CIFAR10训练集50,000
    CIFAR10测试集10,000
    图片+标签

    像下面的neural network,不用GPU也可以很好地完成训练。这个模型和之前的例子类似。

    Read More

    pytorch入门例子2

    这是一个略复杂的入门例子,涵盖了一个典型神经网络的训练过程。

    
    import torch.nn as nn
    import torch.nn.functional as F
    
    # Define the network structure
    class Net(nn.Module):
        def __init__(self):
            super(Net, self).__init__()
            self.conv1 = nn.Conv2d(1,6,3) # Convolutions
            self.conv2 = nn.Conv2d(6,16,3)
            self.fc1 = nn.Linear(16*6*6,120) # Full connections
            self.fc2 = nn.Linear(120,84)
            self.fc3 = nn.Linear(84, 10)
        def forward(self, x):
            x = F.max_pool2d(F.relu(self.conv1(x)), (2,2))
            x = F.max_pool2d(F.relu(self.conv2(x)), 2)
            x = x.view(-1, self.num_flat_features(x))
            x = F.relu(self.fc1(x)) # rectified linear unit
            x = F.relu(self.fc2(x))
            x = self.fc3(x)
            return x
        def num_flat_features(self, x):
            size = x.size()[1:]
            num_features = 1
            for s in size:
                num_features *=s
            return num_features
    
    net = Net()
    print(net)

    Read More

    一个pytorch入门例子

    
    import torch
    from torch.autograd import Variable
    
    dtype = torch.FloatTensor
    N, D_in, H, D_out = 64, 1000, 100, 10 
    # one input layer, one hidden layer, and one output layer

    Read More

    Presentation Learning Day 2

    hello and welcome to xxx
    I am just going to briefly touch upon what this xx will be about. and also I want to mention that xxx
    so what is this xx, what isn’t this xx
    I have presented some of these talks to the labs that I work in locally. and there were definitely folks in the audience who did not have xx experience.
    I think they still got something out of it. they built their understanding.
    so it is still useful if you’re completely new. but it’s going to be more useful for those of you who’ve been running xxx.

    Read More

    Presentation Learning Day 1

    My final words is xxx
    The future is very exciting. It takes all excitement and passion to explore the future.
    I wish the future forum great success.
    … beyond what we can see, what we can feel.

    Read More

    命令行后台执行

    关键词:nohup 后台执行
    Keywords: nohup background excute stop

    常用的脑影像数据分析和遗传数据分析工具往往采用命令行的方式,用户通过Terminal执行命令行以完成相关数据分析,这种方式可以满足通常情况的需求。在一些特别的情况下,你可能会需要将命令行提交到后台执行,以避免一些意外的情况:

    1. 通常情况下,Terminal和执行的命令是绑定的,即如果在执行程序过程中意外关闭的执行该程序的Terminal,改程序的执行会一起终止。
    2. 通过Terminal访问服务器,在服务器上执行程序时,如果意外出现网络中断,相应的程序也会因此而终止。

    Read More

    十年

    十年,总不免让人觉得有些特别;2010年代匆匆过去,也不免引发一些思考。

    2010年,我开始攻读博士学位。9月份是正式入学的时间,然而那时我已经进实验室参与研究项目近一年。由于是非心理学科班出身,对我而言,很多事情都是从零开始,更多的时候是给实验室师兄师姐打下手,比如:看被试、做被试。不过通过这些参与和平时的组会(实验室的组会真是一个重要的学习渠道),潜移默化中还是对心理学和认知神经科学的专业名词、实验设计、数据采集、常用统计分析有了一些理解。我更多的兴趣在脑影像数据分析,期初的梦想是基于多元统计和机器学习手段实现《阿凡达》中的类似人机交互(当时还是太年轻)。实验室Z老师带我们学习脑成像原理学习、多元统计、计算神经科学和脑影像分析方法,在这个过程中获得了很多的训练,给以后的工作打下了必要的基础。就这样慢慢对认知神经科学的研究问题和手段有了越来越清晰的认识。2016年顺利获得博士学位,博士学位论文被评为“北京师范大学优秀博士学位论文”,为博士学习阶段画上一个完美的句号。

    Read More

    Google AdSense多账号问题解决方案

    原则上Google限制同一个用户仅可拥有一个AdSense账号。如果在以往尝试使用不同的gmail邮箱多次注册Google AdSense账号,通常会碰到多账号问题,即类似You have an adsense that already exists的问题。Google官方给的解决方案是登录AdSense账号后,选择取消相应的账号。但是,如果用户多次申请的账号都未通过审核,用户是不可能通过登录相应的AdSense账号来完成相关账号的取消的。于是,便陷入了一个死循环的状态:由于多账号问题无法通过审核<—>由于未通过审核无法取消申请账号。

    经过一些周折,找到一个间接的解决方案,这里记录备查。

    Read More

    添加Google AdSense到Hexo博客

    最近费了一些周折,终于解决了困扰已久的You already have an existing AdSense account问题。Google AdSense通过了审核。下面记录一下添加Google AdSense代码到基于Hexo博客的解决方案,一是备查,二是没准可以帮到新手。

    Hexo博客,使用了maupassant模板。如果是别的模板,解决方案应该也可以参考。

    Read More

    我的黑洞计划:刻画强迫症中的脑不对称性异常

    先放论文信息,方便查阅原文。
    Kong, Xiang-Zhen, et al. “Mapping Cortical and Subcortical Asymmetry in Obsessive-Compulsive Disorder: Findings from the ENIGMA Consortium.” Biological Psychiatry. DOI | 全文链接

    这是我完成的第二个ENIGMA项目,是偏侧化工作组和强迫症工作组的合作项目。这个项目涉及来自全球16个国家的46个数据集:16个儿童和青少年样本(501病例+439健康对照)和30个成人样本(1777病例+1654健康对照)。我们得到近140名研究者的贡献和支持,通过多中心合作研究,描绘了强迫症与脑结构偏侧化之间的初步关联。

    脑结构不对称性与强迫症多中心合作

    下面是一个中文摘要。

    Read More

    脑科学相关SCI Top期刊_2018

    近日,最新的中科院JCR期刊分区发布,其中关于期刊的分区和是否为Top与去年大致相同,不过还是发生了一些小的变化。比如,Nature Communications和PNAS被划分为2区期刊,其中Nature Communications不在作为Top期刊,PNAS作为2区Top期刊;Human Brain Mapping划分为2区非Top期刊。

    下面是脑科学(神经科学、认知神经科学和神经影像)相关同行通常会提到的期刊的最新信息。

    SCI Top 期刊

    Read More